Francisca, a quarta filha do imperador D. Pedro I e da imperatriz D. Maria Leopoldina.
Nascida no Palácio de São Cristóvão, Rio de Janeiro, D. Francisca cresceu ao lado dos irmãos D. Pedro de Alcântara (posteriormente imperador D. Pedro II do Brasil), Paula Mariana e D. Januária. Seu nome foi escolhido por seu pai como forma de homenagear o rio São Francisco, em Minas Gerais.
Francisca perdeu sua mãe, D. Maria Leopoldina, com menos de três anos de idade. Aos sete anos, ela viu o pai, D. Pedro I (IV de Portugal), sua madrasta (Amélia de Leuchtenberg) e sua irmã mais velha (a futura Maria II de Portugal) partirem para Lisboa. A princesa cresceu sob educação extremamente rigorosa.
Em 1837, Francisco Fernando de Orléans,príncipe de Joinville, aportou no Brasil a caminho da Ilha de Santa Helena, onde deveria buscar os restos mortais de Napoleão Bonaparte e levá-los de volta à França. Durante sua escala, ele foi recebido pelo imperador D. Pedro II e conheceu sua irmã, a jovem princesa D. Francisca.
Francisco Fernando, um almirante, era o terceiro filho do rei Luís Filipe I de França e da rainha Maria Amélia de Bourbon-Nápoles. Retornou ao Brasil em 1843, casando-se com a princesa no dia 1º de maio daquele mesmo ano. O casal seguiu então na fragata "La Belle Poule" para a França.
O dote de D. Francisca era de um milhão de francos, ou seja, 750 contos de réis, e incluía terras em Santa Catarina, com 25 léguas quadradas (três mil braças), no nordeste da província, à margem esquerda do rio Cachoeira, onde atualmente é a cidade de Joinville. Apesar disso, a Coroa francesa tinha desejado as terras próximas da Guiana Francesa.
Na corte francesa, a educada e bela D. Francisca logo se tornou uma das princesas mais populares da corte. Era chamada de "La Belle Françoise". Tornou-se amiga de uma fidalga brasileira casada com um nobre francês, a condessa de Barral.
.Com dificuldades financeiras, os príncipes de Joinville negociaram as terras catarinenses com a Companhia Colonizadora Alemã, do senador Christian Mathias Schroeder, rico comerciante e dono de alguns navios. Assim nasceu a Colônia Dona Francisca, mais tarde Joinville, atualmente a maior cidade do estado de Santa Catarina.
Em 1864, ela enviou os príncipes Gastão d'Orléans, o conde d'Eu, e Luís Augusto de Saxe-Coburgo-Gota para o Brasil, onde se casariam com suas sobrinhas, D. Leopoldina e D. Isabel, respectivamente. Entretanto, os casais preferiram inverter a orientação familiar, casando-se o Conde D'Eu com a Princesa Isabel, e o Príncipe Luis Augusto com a Princesa Leopoldina.
Faleceu aos 73 anos, em 27.03.1898, em Paris.